良好的管理手段與措施往往能夠事半功倍，那么該如何系統地管理您的站點呢?首先是需要建立一個系統的目錄結構。按照文件的類別，系統地建立文件的目錄結構，如在該站點中，所有使用的文本資料建立一個叫Data的目錄、圖形建立一個叫Image的目錄、源程序也建立一個目錄、所有插入到該站點的控件也建立一個目錄，并且最好是在做完這些工作以后，再寫一個備忘錄。除了這樣做之外，還需要將所有的這些目錄找個地方備份起來，無論是用CD-ROM刻盤，還是用磁帶機備份都可以，以便將來服務器系統出現問題時，可以恢復到最初的設置。
建立完這些目錄后，就可將文件全部移到相應的目錄里，然后還要更新程序代碼，以能夠反映出修改過后的最新路徑。并且最好再在目錄外部寫一個文本文件，以說明每個目錄的內容都是什么。
建議最好使用雙服務器系統，也就是說一旦一臺服務器出了問題，另外一臺馬上可以啟用，這也是從安全的角度來考慮的。保密問題一直都是每個企業和企業網管所最關心的，尤其是對電子商務網站來講就更為重要了。近年來，因特網的飛速發展也讓很多網絡上的高科技不法分子感到有機可乘。那些‘黑客’們個個身手不凡，連某國國防大樓的網站都不能幸免的被“黑”，國旗標識被換成了骷髏頭。所以說，為了電子商務站點的安全，非常有必要使用多種安全保護措施來保護姑點。例如，對服務器的操作就沒有專人，并且對每個訪問權限都做到有效地管理，只有正確地輸人密碼、帳戶名稱才可以對服務器進行操作，且對服務器要要到多重口令管理及防火墻的設置，最好是每周自動生成一個密碼。每個進人到網站的用戶都應該留下其相應的資料作為備份，并且能夠做到每次操作都有操作記錄的保留，以便將來一旦網站發生問題時作為查找問題的參考依據。