電子政務網站設計的分析主要包括目標分析和需求分析，通過分析工作可以明確網站運行的目標和重點所在，了解政府工作人員和社會公眾對網站的期望，并借此增強網站系統用戶與網站實施團隊的溝通。
IA（Information Architecture）信息構建理論為電子政務網站設計提供理論支持和方法指導。電子政務網站設計主要包括面向網站信息內容的信息結構設計、面向網頁版面的網站可視化設計及面向網站系統運行后臺的數據庫設計三個方面的工作。
電子政務網站的信息結構設計是網站開發的重點，它直接影響到電子商務的運轉。電子政務網站的信息結構設計除了直接與網頁的版面和多媒體設計有關外，還應與網站開發的技術相關聯，尤其是目前電子政務網站中的內容資源不光是一些靜態網頁，更多的是以交互方式出現的動態網頁，這些信息資源是保證電子政務正常運轉的前提，是吸引用戶之所在。
網站頁面的可視化設計確定整個網站風格的統一，主要包括頁面布局結構設計、頁面色彩搭配設計、頁面字體風格設計、頁面欄目風格設計及網站頁面的尺寸、整體造型、段落文本、多媒體素材等方面的處理方法和原則確定等。
后臺數據庫系統是存取網站信息、處理政府業務的重要支撐系統。數據庫設計的好壞直接影響到前臺信息發布和業務處理的效果。關系數據庫系統是網站數據庫的主流選型，關系數據庫設計主要須考慮數據冗余和數據規范化等因素，E-R圖（Entity Relation Diagram，實體關系模型圖）是關系數據庫設計時經常采用的方法。