許多應用軟件包含專有信息和算法。一些防御軟件和軍事軟件可能包含機密信息。專利侵權訴訟和知識產權盜竊訴訟的數量越來越多，并且還有繼續增長的趨勢。與過去相比.通過黑客或賄賭工作人員來盜竊軟件數據的案件也在增多。商業軟件供應商也擔心盜版和非法復制軟件的問題。這個問題的解決方案包括注冊、激活和在某些情況下實際監控軟件在客戶電腦上的運行情況。然而，這些解決方案只有部分可行，在許多發展中國家甚至在工業化國家，復制非法商業軟件的情況也是很常見的。一個常見的解決方案是對關鍵規范和代碼段進行加密。然而，這個方法會給開發團隊帶來很多后續問題，因為人們需要理解未加密信息的含義。
未來，一個合理的解決方案將結合云計算，也就是應用程序可以存在網絡服務器上，而不是個人電腦上雖然這種方法可以保護軟件本身，但它也并不是沒有問題的，其可能會受制于黑客從無線網絡的攔截，甚至股務器拒絕訪問。知識產權的保護需要專家提供法律建議，且需要專家提供物理安全和網絡安全方面的建議，而這里只給出了一些一般的建議。
要注意確保辦公室、筆記本電腦、家用電腦的安全，當然還有電子郵件的安全。旅行或出國參觀時。電腦、筆記本電腦被盜。甚至筆記本電腦丟失都有可能發生。很多公司禁止員工攜帶電腦到海外。除了計算機安全外.有時候可能還需要限制U盤、DVD、可讀寫CD光盤以及其他可移動媒介的使用。一些公司和政府機構禁止員工抉帶可移動磁盤進出辦公室。